El Instituto de Ecología, UNAM fue constituido formalmente el 13 de noviembre de 1996 después de 8 años y 6 meses de haber funcionado como un centro de investigación (Centro de Ecología, UNAM).
A mediano plazo, el Instituto de Ecología, UNAM, se consolida, en principio, alrededor de tres unidades académicas. La primera de ellas, en Ciudad Universitaria, en Mexico, DF centrada en cuestiones de ecología evolutiva, ecología funcional y ecología aplicada. La segunda, con sede en la ciudad de Hermosillo, Sonora, está orientada principalmente a la ecología funcional de zonas áridas. El recientemente creado Centro de Investigaciones en Ecosistemas, con sede en la ciudad de Morelia, Michoacán, es un descendiente directo de nuestra institución. Tiene una orientación hacia la ecología de los recursos naturales y los procesos ecosistémicos.
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